Địa chất Sài Gòn bao gồm hai tầng trầm tích Pleistocen, và Holocen lộ ra trên bề mặt. Trầm tích Pleistocen chiếm hầu hết phần Bắc, Tây Bắc, và Đông Bắc thành phố. Dưới tác động của các yếu tố tự nhiên, và hoạt động của con người, trầm tích phù sa cổ hình thành. Địa hình Sài Gòn thấp dần từ Bắc xuống Nam và từ Tây sang Đông. Vùng cao nằm ở phía Bắc - Đông Bắc và một phần Tây Bắc, trung bình 10 đến 25 mét. Xen kẽ có một số gò đồi, cao nhất lên tới 32 mét như đồi Long Bình ở quận 9. Ngược lại, vùng trũng nằm ở phía Nam - Tây Nam và Ðông Nam thành phố, có độ cao trung bình trên dưới 1 mét, nơi thấp nhất 0,5 mét. Các khu vực trung tâm, một phần các quận Thủ Đức, quận 2, toàn thể huyện Hóc Môn, và quận 12 có độ cao trung bình, khoảng 5 tới 10 mét .
Suốt thời Pháp thuộc, các Nhà quy hoạch Pháp đều loại bỏ hướng phát triển Sài Gòn về phía Đông, Nam hoặc Tây Nam là các vùng đất trũng thấp, làm nền móng rất tốn kém. Sài Gòn thời cũ sở dĩ không ngập úng là nhờ có các vùng đất trũng thấp này hứng nước. Hướng phát triển tự nhiên của Sài Gòn được xác định là hướng Bắc cao ráo
